在第一集解决了“毁灭钢眼博士”后，“神奇四侠”已经逐渐适应了新的身份，队员们的生活亦过得有滋有味 。里德（尤安·格瑞福德 Ioan Gruffudd 饰）和苏珊（杰西卡·阿尔芭 Jessica Alba 饰）终于步入教堂，然而，正当婚礼进行到一半时，突然狂风大作，一道银 色闪电在天空闪过。
　　里德忙叫“霹雳火”（克里斯·埃文斯 Chris Evans 饰）追上去看过究竟，熟料“霹雳火”完全不是对方对手，里德的担忧变成了现实：新的敌人出现了――“银影侠”（道格·琼斯 Doug Jones 饰）！
　　世界各地开始灾难不断。通过调查，苏珊发现“银影侠”只不过受“行星吞食者”盖拉克图斯所迫，帮其在宇宙寻找可供其吞食的星球，今次的目标正是――地球！“神奇四侠”又出动了，这次能否帮助可怜的“银影侠”、成功挽救地球？

　　逃过摄魂怪的追杀，通过魔法部的审查，哈利（丹尼尔·雷德克里夫）终于回到美丽的霍格沃兹。然而这个学期并不轻松，他不仅要完成魔法等级考试，还要应对夜晚的噩梦和黑魔法防御课老师乌姆里奇的打压。在好友的支持下，哈利秘密组建了邓不利多军团，与大家一起练习黑魔法防御术。
　　噩梦中，哈利总是以伏地魔的视角出现，似乎他们之间有着某种神秘的联系。在邓不利多（迈克尔·刚本）的指示下，哈利向斯内普教授（阿伦·瑞克曼）学习封闭术，却鲜有成效。终于在一次噩梦的诱使下，哈利偏执的赶往魔法部营救小天狼星，却不想陷入伏地魔的圈套，引发凤凰社与食死徒之间的正面冲突。在混战中，小天狼星（加里·奥德曼）不幸遇难。
　　究竟哈利与伏地魔（拉尔夫·费因斯）之间有着怎样的联系？在悲恸中，邓不利多为哈利揭开谜底，哈利还有更长、更艰难的路要走……